1.
Безопасность компьютерных систем (Инновационные технологии компьютерной безопасности)
2.
Высокопроизводительные вычислительные системы и инновационные технологии (реализуется совместно с ВКТУ)
3.
Защищенные высокопроизводительные вычислительные системы
4.
Защищенные высокопроизводительные вычислительные системы и технологии
5.
Интеллектуальные информационно-измерительные системы
6.
Интеллектуальные системы и технологии. Архитектуры современных интеллектуальных систем
7.
Квантовая метрология (совместно с Ташкентским государственным техническим университетом им. Ислама Каримова)
8.
Квантовые вычислительные системы и обработка данных
9.
Квантовый инжиниринг
10.
Лазерные системы и технологии
11.
Лазерный термоядерный синтез
12.
Математические и компьютерные методы в научных исследованиях
13.
Математическое и программное обеспечение вычислительных машин и компьютерных сетей
14.
Математическое и программное обеспечение киберфизических систем
15.
Обеспечение непрерывности и информационной безопасности бизнеса
16.
Прикладная математика и информатика
17.
Прикладные исследования в газодинамике и теплоэнергетике (реализуется совместно с Казахским национальным университетом им. Аль-Фараби)
18.
Программная инженерия и большие данные
19.
Суперкомпьютерные технологии в инженерно-физическом моделировании
20.
Технологии экстремального состояния вещества
21.
Управляемый термоядерный синтез и плазменные технологии
22.
Физика быстропротекающих процессов
23.
Физика и инжиниринг новых материалов
24.
Физика плазмы (реализуется совместно с Казахским национальным университетом им.аль-Фараби)
25.
Экспериментальная и теоретическая физика твердого тела